帝王三国的副本系统是玩家获取资源、装备及武将的重要途径。通过挑战不同难度和类型的副本，玩家可以获得武将经验书、银两、精铁、食物、木材等基础资源，这些物资对前期发展和日常运营至关重要。装备副本则直接掉落武器、防具、饰品等装备，品质随副本难度提升而提高，部分副本的BOSS关卡甚至会产出特定等级的卓越装备，如56级卓越甲或58级卓越盔。副本宝箱还可能开出加速符、行军粮草等实用道具，合理利用这些物品能显著提升游戏效率。
副本的奖励机制与挑战策略密切相关。资源类副本如粮食、木材副本适合日常积累，而装备副本需根据当前战力选择难度，避免盲目挑战高难度导致资源浪费。部分副本设有隐藏宝箱或特殊触发条件，例如组队副本中的极品装备掉落概率更高，但需要玩家协作完成。每日军令限制为60次，需优先分配给高收益副本。扫荡功能可快速完成已通关副本，但扫荡券的获取与分配也需纳入资源管理规划。
俘虏名将是副本玩法的核心目标之一。特定副本如传说难度关卡有概率俘虏历史名将，例如诸葛亮、关羽等，其技能和属性对阵容提升显著。俘虏成功率受幸运值、招降卡及武将技能影响，例如携带具有俘虏技能的武将可提高几率。副本中的名将通常需满足回合数限制或特定阵容配置才能触发俘虏条件，因此需提前研究敌方阵容并调整战术。俘虏成功后，名将可直接编入队伍或通过后续培养解锁潜力。
副本宝箱的开启策略直接影响高阶资源获取。金箱子优先开启，因其含有稀有装备或名将碎片；银箱子和钻石箱子则根据当前需求选择，例如缺材料时集中开启资源类箱子。活动期间宝箱掉落率可能提升，可储备钥匙集中开启。部分副本积分可兑换奖励，需关注积分商城的刷新周期。副本重置功能允许重复挑战高价值关卡，但需权衡重置成本与预期收益。
武将经验书和精铁适合优先投入核心阵容，装备材料则按当前养成阶段分配。俘虏的名将需结合阵容特性培养，例如智力型武将适合搭配火攻类技能。副本产出的加速符可用于缩短关键建筑或科技研发时间，形成良性发展循环。定期清理低难度副本可稳定获取基础资源，而高难度副本建议组队以降低战损。通过系统化分配副本资源，玩家能逐步构建均衡发展的战略体系。
