精灵融合是核心玩法之一，但需游戏设定中赛尔号超级英雄与精灵属于不同体系，无法直接互相融合。玩家可通过精灵之间的融合系统，将特定精灵组合生成新精灵，从而提升战斗力。融合需满足主宠与副宠的搭配条件，并消耗指定材料，例如超能晶体、能量石等。成功率受配方和材料影响，合理选择组合能显著提高融合效率。
基础步骤包括前往实验室、放入主副精灵及材料、启动融合程序、孵化新精灵。融合后的精灵通常继承主宠的部分属性，同时可能觉醒特殊技能或形态。进阶玩法涉及装备融合与SPT神宠融合，需通过特定副本或活动获取稀有材料。融合结果存在随机性，可能出现暴击效果，一次性生成多个高星级精灵。
融合系统的策略性体现在属性克制与阵容搭配上。不同精灵组合可能触发隐藏天赋或羁绊效果，例如雷伊与盖亚的搭配可激活AOE技能强化。玩家需参考精灵图鉴中的属性相克表，避免将相克属性精灵强制融合导致失败。融合后的精灵需通过升级、进化、性格洗练进一步培养，第三形态精灵甚至具备复活能力，大幅提升实战价值。
低星级精灵可通过合成系统转化为高星级精灵，但需消耗五只同星级精灵作为材料。此玩法适合处理冗余精灵资源，但存在合成结果不稳定的风险。建议优先保留高潜力精灵，避免盲目合成导致核心战力流失。精灵融合是提升队伍强度的有效途径，但需结合资源规划与战术需求谨慎操作。
