初始精灵的选择直接影响一周目流程的顺畅程度。水主呱呱泡蛙最终进化为甲贺忍蛙，拥有优秀的特攻和速度属性，能够快速解决大部分道馆战；火主火狐狸进化为妖火红狐，特攻突出但中期能力较为平庸；草主哈力栗最终进化为布里卡隆，防御能力出色但速度偏低。建议优先考虑水主或火主，两者都能有效应对前期道馆，草主更适合有经验的玩家使用。队伍构建需要考虑属性互补和技能覆盖范围，避免出现明显的属性短板。
虫系道馆位于第三个城镇，使用水主或飞行系精灵能轻松应对；岩石道馆需要格斗或水系技能；电系道馆建议准备地面系成员；妖精道馆则需要钢系或毒系攻击手段。超级进化系统在后期解锁，可大幅提升特定精灵的战斗力，建议保留一个超级进化位给主力输出手。野生精灵捕捉要注重属性多样性，早期可获得的飞行系姆克鹰和钢系盔甲鸟都是不错的过渡选择。
拉鲁拉丝在第四道馆前可进化为沙奈朵，成为强力的超能/妖精系输出；路卡利欧在获得超级进化石后实力显著提升；暴鲤龙通过钓鱼可获得，水系+飞行属性提供优秀打击面。技能机分配要合理，优先保证主力输出手拥有本系高威力技能，辅助技能如光墙、反射壁能有效提升生存能力。努力值培养不必过于刻意，但主力精灵应保持攻击和速度的基础训练。
后期神兽捕获是队伍强化的关键节点。伊裴尔塔尔（Y版）或哲尔尼亚斯（X版）作为封面神兽实力出众，建议编入主力队伍。传说宝可梦通常隐藏在隐秘区域，需要完成特定剧情才能触发捕获事件。队伍最终成型时应包含2-3个高速输出手、1-2个耐久型精灵和1个辅助单位，属性覆盖要尽可能广泛。对战树等后期设施对队伍完整性要求较高，一周目通关阶段可暂不考虑完美配招。
攻击类道具如生命宝珠适合高速输出手，剩饭适合耐久型精灵；技能机如冷冻光线、能量球能弥补属性盲点；秘传技能需要分配给工具宠，避免占用主力技能格。商店购买的进化石要优先给核心成员使用，超级进化石通常通过剧情获得无需购买。恢复类道具携带数量要根据道馆战难度调整，后期可适当减少以腾出背包空间。
通关后的队伍优化方向主要包括个体值培养和隐藏特性获取。野生精灵通过群战系统能提高隐藏特性出现概率，后花园系统提供特定精灵的固定出现。技能回忆师能找回进化前技能，部分特殊技能需要通过育种系统遗传。二周目开放的超级训练能精确调整努力值分配，这些内容可作为通关后的深化玩法。一周目队伍只要属性搭配合理、等级达标即可顺利完成主线剧情。
