山洞是游戏进程中常见的探索区域，合理规划路线和战斗策略是顺利关键。首先需要确保队伍中有掌握闪光术的宝可梦，岩山隧道等黑暗区域必须使用闪光术照明才能看清道路。建议在进入山洞前准备足够的伤药、解毒药和PP恢复道具，同时携带会居合斩的宝可梦以清除挡路的树木。山洞内通常分布着岩石系和地面系野生宝可梦，准备水系或草系技能能有效应对。
月见山作为早期重要山洞，内部路线较为复杂，需注意火箭队成员的干扰。在深处击败考古学家后可从两块化石中选择其一，左侧化石可复活为化石盔，右侧则对应菊石兽。华蓝市右侧的岩山隧道需要从紫苑镇方向进入，使用闪光术后沿特定路径前进，途中会遇到教授山崩地裂技能的NPC。部分山洞设有推石解谜机制，需用怪力技能移动岩石开辟通道，注意观察地形规划推动顺序。
地鼠山洞是连接枯叶市与常磐市的捷径，内部结构简单但野生宝可梦等级较高。通过后可在地鼠洞出口处的研究所助手处获得秘传机闪光，前提是已收服10种以上宝可梦。超梦所华蓝洞窟需要通关后从24号道路冲浪抵达，入口有精英训练家把守，需集齐8枚徽章并击败四天王才可进入。山洞中的训练家战斗不可避免，建议保持宝可梦状态良好并及时治疗。
不归洞穴等后期山洞路线更为复杂，需要按照特定顺序探索分支路线。在五岛的不归洞穴中，需遵循右-下、右-上-下-上等固定路径才能获取全部道具并完成任务。部分山洞设有隐藏物品，如红宝石需在火烈山山洞深处获取，仔细调查闪光点或特殊位置可发现珍贵道具。遇到卡比兽等障碍时，需先获得笛子等特殊道具才能继续前进。
山洞中的宝可梦中心往往距离较远，建议控制战斗节奏避免队伍全员濒死。利用逃脱绳可快速返回入口，但会重置洞内解谜进度。水系道馆获得冲浪术后，可探索更多需水路抵达的山洞区域。游戏后期获取攀瀑术后，能进一步解锁山顶洞穴等隐藏区域。每个山洞的布局和宝可梦分布都有设计规律，多次探索能熟悉最佳路线。
